Klasztor w Łagiewnikach od wielu lat związany był z osobą Karola Wojtyły, dlatego też już jako Jan Paweł II dwukrotnie pielgrzymował do tego miejsca. Podczas okupacji modlił się w kaplicy klasztornej, którą mijał codziennie w drodze do pracy w Solvayu. Przesłanie św. Faustyny Kowalskiej zapadło przyszłemu papieżowi głęboko w serce, stało się oparciem i pocieszeniem w trudnych latach wojny.
Podczas pierwszej pielgrzymki Ojca Świętego do Łagiewnik, która miała miejsce 7 czerwca 1997 roku, mówił o szczególnym doświadczeniu nadziei i miłości płynącym z przesłania s. Faustyny: „Było to i moje osobiste doświadczenie, które zabrałem ze sobą na Stolicę Piotrową i które niejako kształtuje obraz tego pontyfikatu.”
Kolejna pielgrzymka Jana Pawła II do Łagiewnik połączona była z uroczystościami konsekracji świątyni wznoszonej od 1999 roku. W samych uroczystościach poświęcenia górnego kościoła w dniu 17 sierpnia 2002 roku wzięło udział ponad 22 tysiące wiernych. Wizyta w roku 2002 była wielkim wołaniem o Miłosierdzie Boże dla współczesnego świata. Znalazło to swój wyraz zwłaszcza w przejmującym „Akcie zawierzenia świata Bożemu Miłosierdziu”. A po powrocie do Rzymu mówił m.in.: „Głównym celem wizyty [w Polsce] było właśnie ponowne głoszenie Boga „bogatego w miłosierdzie”, zwłaszcza poprzez konsekrację nowego sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach. Nowa świątynia stanowić będzie centrum, z którego promieniować będzie na cały świat blask miłosierdzia Bożego” (Castel Gandolfo, 21 VIII 2002).
Ustanowienie tu przez Ojca Świętego światowego centrum kultu Miłosierdzia Bożego oraz dokonane właśnie w Łagiewnikach zawierzenie świata Bożemu Miłosierdziu znacznie podniosły rangę tego sanktuarium.
Również Benedykt XVI podczas swojej wizyty w maju 2006 roku odwiedził Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach . 26 maja w Krakowie podkreślił, że wizyta w naszym kraju jest ważna dla kontynuacji nauczania rozpoczętego przez jego poprzednika. Papież modlił się w ciszy przy relikwiach św. Siostry Faustyny, spotkał się z chorymi i członkami wspólnoty Apostołów Bożego Miłosierdzia oraz adorował Najświętszy Sakrament. W przemówieniu mówił, że to osoby cierpiące uczą nas, że „nie ma innej głębszej wiary, innej, żywszej nadziei, innej gorętszej miłości od tej, jaką żywi człowiek, który w nieszczęściu zawierza siebie pewnym dłoniom Boga.”
Pielgrzymki Jana Pawła II i Benedykta XVI w Łagiewnikach odegrały ważną rolę w rozwoju kultu Bożego Miłosierdzia i św. Faustyny w Kościele powszechnym i na całym świecie.
Aby poznać głębokie związki Jana Pawła II z Krakowem zapraszamy na wędrówką: Ścieżkami Jana Pawła II.