Kolegiata jest świątynią uniwersytecką, której budowa przypada na koniec XVII i początek XVIII stulecia. Powstała z inicjatywy u pomysłu profesorów akademickich, którzy postanowili zastąpić starą, gotycką świątynię z XV wieku nowym kościołem. Planem budowli zajął się pochodzący z Niderlandów Tylman z Gameren. Jest to jedna z najpiękniejszych budowli barokowych w Polsce – trzynawowa bazylika z transeptem i prosto zamkniętym prezbiterium, nakryta sklepieniem kolebkowym z lunetami i kopułą. Po obu stronach fasady stoją wieże zwieńczone późnobarokowymi hełmami, zaprojektowanymi przez księdza Sebastiana Sierakowskiego. Całość kompozycji fasady została zaprojektowana tak, aby najlepiej prezentowała się w ukośnym widoku z wąskiej uliczki św. Anny. W trakcie budowy kościoła nie istniały jeszcze Planty, a obecna ulica św. Anny była zamknięta murami obronnymi. Wnętrze świątyni zdobi piękna dekoracja rzeźbiarska i architektoniczna Baltazara Fontany oraz malarska Karola Dankwarta. W głównym ołtarzu znajduje się obraz św. Anny Samotrzeć, dzieło Jerzego Eleutera Siemiginowskiego, po bokach posągi śś. Stanisława i Wojciecha (B.Fontana 1701). Jednym z bardziej zwracających uwagę elementów wystroju wnętrza jest monumentalna konfesja św. Jana Kantego, znajdująca się w prawym ramieniu transeptu. Trumna ze szczątkami świętego, spoczywa na ramionach postaci będących alegoriami czterech uniwersyteckich wydziałów (teologia, filozofia, medycyna, prawo), całość otaczają cztery spiralnie zdobione kolumny, wzorowane na konfesji św. Piotra w Watykanie. Przy konfesji umieszczono liczne wota, m..in. bunczuki tureckie, zdobyte w 1683 r. pod Wiedniem przez Jana III Sobieskiego.
Dziś przy kolegiacie działa również duszpasterstwo akademickie zrzeszające ogromną grupę krakowskich studentów.
Kolegiat na mapie