Pierwotny kościół był drewnianą budowlą wzniesioną w 1453 r. z fundacji kardynała Zbigniewa Oleśnickiego dla konwentu zreformowanej gałęzi franciszkanów, zwanej bernardynami. W 2 połowie XV w. powstał murowany obiekt, zniszczony przez najazd szwedzki w 1655 r. Obecny barokowy kościół pochodzi z lat 1659-76; zbudowany według projektu architekta Krzysztofa Mieroszewskiego. Kościół św. Bernardyna jest budowlą trójnawową, bazylikową, z transeptem i kopułą ukrytą w dachu świątyni, co było podyktowane względami strategicznymi. Artyleria wawelska musiała mieć niczym nieprzysłonięte pole rażenia. W kościele znajdują się obrazy Franciszka Lekszyckiego, zakonnika bernardyna, który przyswoił polskiej sztuce kompozycje Rubensa oraz van Dycka. Są to obrazy ołtarzowe powstałe w latach 1659-64: Ostatnia wieczerza i Matka Boża Śnieżna, monumentalne Ukrzyżowanie i Upadek pod krzyżem. W okresie wielkanocnym w Grobie Pańskim tłem dla monstrancji z hostią jest Golgota – obraz pędzla Tadeusza Popiela, namalowana w 1911 r. i przywieziona do Krakowa po II wojnie światowej z kościoła lwowskich bernardynów.
Po północnej stronie prezbiterium znajduje się kaplica Bł. Szymona z Lipnicy z marmurowym ołtarzem-mauzoleum. Przechowuje się tutaj relikwie błogosławionego. Obrazy w kaplicy i witraż Józefa Mehoffera przedstawiają sceny z jego życia.
Kościół na Mapie: