Położony przy skrzyżowaniu ulic Św. Marka i Sławkowskiej. Kościół ufundował w 1263 r. książę krakowski Bolesław Wstydliwy dla sprowadzonych z Pragi zakonników reguły św. Augustyna, w Polsce zwanych Markami (od imienia patrona) lub Rogaczami (od kształtu noszonych kapeluszy). Pod koniec trzynastego stulecia wzniesiono ceglane prezbiterium, zakończone prostą ścianą. W ciągu XV wieku wybudowano trzynawowy halowy korpus.
Na początku XIX w. klasztor z kościołem przejął rząd austriacki i w 1807 r. przekazał go księżom emerytom przeniesionym tutaj ze szpitala św. Ducha. Część klasztoru w latach trzydziestych XX w. zburzono i przebudowano na sklepy od strony ulicy Sławkowskiej.
Na zewnętrznej ścianie prezbiterium znajduje się kopia Golgoty z ok. 1500 roku: gotycki krzyż z Chrystusem oraz figury Matki Boskiej Bolesnej i św. Jana Ewangelisty. Rzeźba ta według tradycji miała przemówić do bł. Michała Giedroycia, który jest pochowany przy ołtarzu głównym. W kościele znajduje się jego nagrobek (pocz. XVII w.) oraz tak zwane Giedroycianum – sanktuarium gromadzące pamiątki po zakonniku. Piękną rzeźbę Michała Archanioła ze smokiem wykonał artysta z kręgu znakomitego rzeźbiarza Baltazara Fontany. Do rzadkości należy rokokowa ambona z 2 połowy XVIII w. w kształcie godła zakonu Marków – serce z krzyżem unoszone przez anioła.
W kościele znajduje się też kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej, w której ołtarzu mieści się cudowny obraz Madonny.
Kościół na Mapie