Sanktuarium to odwiedza co roku przeszło 20 mln pielgrzymów z całej Ameryki Łacińskiej. Bez Madonny z Gwadelupy nie można sobie wyobrazić katolicyzmu meksykańskiego, jak również przetrwania Kościoła w tym kraju w trudnych czasach. Matka Boża objawiła się tam biednemu Indianinowi Juanowi Diego w 1531 r. – czyli w samych początkach ewangelizacji Meksyku. Miała „indiańskie oblicze”, mówiła w jego języku.
W Gwadelupe lud zawierzył Maryi wszystkie osobiste troski oraz troski rodzin i całego narodu. Źródła historyczne podają, że po raz pierwszy Matka Boża ukazała mu się w sobotę 9 grudnia 1531 r., kiedy szedł wczesnym rankiem do Tlatelolco na Mszę św. i katechezę prowadzoną przez franciszkanów. Ujrzał wtedy piękną postać kobiecą, odzianą w różową tunikę i błękitny płaszcz, która przedstawiła mu się jako „Święta Maryja zawsze Dziewica, Matka prawdziwego Boga” i poprosiła, by na tym miejscu została zbudowana świątynia, w której będzie czczony Jej Syn. Poleciła Juanowi przekazać to przesłanie biskupowi w Meksyku.
W miejscu, gdzie Matka Boża objawiła się ubogiemu Indianinowi, wkrótce postawiono małą kaplicę. Później ją powiększono, a z czasem wybudowano olbrzymią bazylikę pod wezwaniem Matki Bożej z Guadalupe. Od samego początku jej istnienia dokonują się tu nieustannie cudowne nawrócenia i uzdrowienia.
Za zgodą biskupa Juan Diego zamieszkał w pobliżu kościoła i służył w nim Panu oraz Jego Matce. Zostawił wszystko, co miał, by poświęcić resztę życia modlitwie i głoszeniu Ewangelii. Zmarł 30 maja 1548 r. i został pochowany w kościele, przy którym pracował. Obecny kościół został wybudowany w pobliżu wcześniejszej, XVI wiecznej bazyliki ukończonej w 1709 roku. Kiedy stara bazylika, wybudowana na podmokłym gruncie, w wyniku trzęsień ziemi poczęła obracać się w ruinę, kilkanaście lat temu powstało nowe sanktuarium, w którym został umieszczony cudowny obraz. Nowe sanktuarium zostało ukończone w 1976, a zaprojektował je wielki meksykański architekt Pedro Ramirez Vasquez (autor m.in. Muzeum Antropologicznego i Stadionu Azteków).
6 maja 1990 r. Ojciec Święty wyniósł Juana Diego do chwały ołtarzy jako błogosławionego, a kanonizował 31 lipca 2002 r podczas uroczystej Mszy św. sprawowanej w bazylice pw. Najświętszej Maryi Panny z Guadalupe w stolicy Meksyku.